Galdikas dilahirkan pada 10 Mei 1946 di Wiesbaden, Jerman. Ibu bapanya, Filomena dan Antanas Galdikas adalah pelarian dari Lithuania yang melarikan diri dari pendudukan Soviet di negara-negara Baltik selepas Perang Dunia Kedua. Ketika Galdikas berusia dua tahun, keluarganya pindah ke Kanada ketika ayahnya menandatangani kontrak untuk bekerja di lombong tembaga di Quebec. Tahun berikutnya, mereka berpindah ke Toronto, di mana Galdikas dibesarkan. Ayahnya bekerja sebagai pelombong dan kontraktor. Sebagai seorang anak kecil, Birutė meminati hutan-hutan dan haiwan-haiwan eksotik nun jauh. Buku pertama yang dipinjamnya dari Perpustakaan Awam Toronto adalah kisah tentang monyet kecil nakal yang bernama Curious George. Menjelang usia dewasa, beliau meminati pengembaraan Jane Goodall dan Dian Fossey dalam National Geographic. [4] Dia mempunyai dua orang adik lelaki dan seorang adik perempuan.[5]

Pada tahun 1962 keluarga Galdikas berpindah semula, mula-mula ke Vancouver dan kemudian ke Amerika Syarikat. Galdikas mendaftar di Universiti California, Los Angeles, di mana beliau mengkaji ilmu psikologi, arkeologi, dan antropologi. Pada tahun 1966, beliau memperoleh ijazah sarjana muda dalam bidang psikologi dan zoologi, yang dianugerahkan oleh UCLA bersama dengan Universiti British Columbia. Beliau memperoleh ijazah sarjana dalam bidang antropologi dari UCLA pada tahun 1969. Semasa pengajian siswazahnya di UCLA, Galdikas bertemu dengan ahli paleoantropologi Louis Leakey yang didekatinya untuk mengkaji tentang orang utan di habitat semula jadi mereka. Leakey berpakat dengan National Geographic Society untuk menubuhkan kemudahan penyelidikan di Borneo. [6] Penyelidikan Galdikas menjadi asas kajian kedoktorannya, dan beliau memperoleh gelaran doktornya dalam antropologi dari UCLA pada tahun 1978.